Tendo uma mudança em seu coração por causa das palavras de despedida de Obito, Kakashi chegou e salvou Obito, protegendo-o do ataque de Taiseki e perdendo seu olho esquerdo no processo.
Ele foi inclusive um dos responsáveis pelo massacre Uchiha, auxiliando Itachi na infame missão de assassinar todos os membros do clã mais poderoso de Konoha. E no processo, ele roubou dezenas de pares de olhos com o dojutsu em um laboratório. Obito continuou com apenas um de seu próprio Sharingan.
Masashi Kishimoto Obito Uchiha/Criadores
Eventualmente Obito Uchiha invade Konoha em uma tentativa de extrair a Kyubi de Kushina que estava dando a luz ao Naruto. Durante o parto, o selo da besta enfraquece. Aproveitando disso e da ausência de Minato, Tobi extrai o Nove caudas, ganhando controle sobre a besta e a ordenando de destruir Konoha.
Depois disso Obito começou a treinar duro para alcançar o mesmo nível que Kakashi, mas quando chegou o exame Chunin, Obito foi derrotado por Might Guy que se dizia rival de Kakashi, então ele viu seu amigo e rival se tornar um Chunin.
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