Com a imigração e colonização europeias no Brasil meridional, houve um impacto na ecologia humana de grupos indígenas, principalmente pelo contágio de certas doenças infecciosas, como o caso de gripe, sarampo, catapora, bem como de doenças graves, tais como pneumonia e varíola.
A colonização portuguesa teve como principais características a submissão e o extermínio de milhões de indígenas. O processo de colonização portuguesa no Brasil teve um caráter semelhante a outras colonizações europeias, como a colonização espanhola, que conquistou e exterminou os povos indígenas.
Os primeiros impactos ocorreram com a exploração econômica dos recursos naturais e da terra, como também pelo genocídio de milhões de seres humanos. Os europeus trouxeram ainda para o continente milhões de africanos escravizados, que com seu suor e sangue foram utilizados para construir a sociedade americana atual.
Segundo os cronistas da época, os indígenas consideravam os europeus amigos ou inimigos, conforme fossem tratados: amistosamente ou com hostilidade. Com o passar do tempo, e ante a necessidade crescente de mão de obra dos senhores de engenho, essa relação sofreu alterações.
Milhares morreram no contato direto ou indireto com os europeus e as doenças trazidas por eles, pois não possuíam imunidade natural. Gripe, sarampo, coqueluche, tuberculose, varíola e sífilis são alguns dos males que vitimaram sociedades indígenas inteiras.
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Doenças como varíola, sarampo, febre amarela ou mesmo a gripe estão entre as razões para o declínio das populações indígenas no território nacional, passando de 3 milhões de índios em 1500, segundo estimativa da Funai (Fundação Nacional do Índio), para cerca de 750 mil hoje, de acordo com dados do governo.
As causas externas corresponderam à principal causa de mortalidade na população indígena, no triênio 2004-2006 (22,4%), seguidas pelas doenças do aparelho respiratório (14,9%), doenças do aparelho circulatório (14,3%) e doenças infecciosas e parasitárias (11,7%).
Índios e Portugueses: O Encontro de Duas Culturas. Durante os primeiros anos do Descobrimento, os nativos foram tratados "como parceiros comerciais", uma vez que os interesses portugueses voltavam-se ao comércio do pau-brasil, realizado na base do escambo.
Índios brasileiros foram tratados como escravos e castigados em troncos.
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