A divisão territorial e o poder dos donatários permaneceram até meados do século XVIII, mas Portugal criou um novo governo, mais centralizado. Esse governo foi chamado de Governo-geral e começou a funcionar a partir de 1548.
Pernambuco e São Vicente foram as capitanias que mais prosperaram. Nelas haviam ocorrido experiências de ocupação agrícola desde o período da colonização acidental. Apesar de enfrentarem problemas comuns aos das demais capitanias, Duarte Coelho e Martim Afonso de Sousa obtiveram sucesso.
De todos os territórios Brasileiros que foram divididos em capitanias, o lugar onde se verificou maior desenvolvimento foi a região da Nova Lusitânia (correspondente aos atuais Estados de Pernambuco e Alagoas), seguido pela Capitania de São Vicente .
As capitanias do Brasil foram uma forma de administração territorial da América portuguesa, parte do Império Português, pela qual a Coroa, com recursos limitados, delegou a tarefa de colonização e exploração de determinadas áreas.
A prosperidade dessas duas capitanias, segundo o historiador Boris Fausto, está relacionada com o desenvolvimento da produção de açúcar aliado com uma política menos hostil em relação aos indígenas |1|.
O sistema de capitanias, bem sucedido nas ilhas da Madeira e de Cabo Verde, foi inicialmente implantado no Brasil com a doação, a Fernão de Noronha, da Ilha de São João (atual ilha de Fernando de Noronha ), por Carta Régia de Dom Manuel I (r. 1495–1521) datada de 16 de fevereiro de 1504.
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