Esteve à frente do cargo de 18, e seu governo é dividido pelos historiadores em duas fases: uma provisória e outra constitucional. O governo de Deodoro da Fonseca ficou marcado pelas iniciativas autoritárias do marechal, que acabaram desgastando sua posição como presidente e levaram-no à renúncia.
Na noite de 15 de novembro de 1889, foi constituído o Governo Provisório da República recém-proclamada, tendo como Chefe o Marechal Deodoro, com poderes ditatoriais. O primeiro ato do novo governo foi dirigir uma proclamação ao país, anunciando a mudança de regime e procurando justificá-la. ...
Com a promulgação da Constituição, o Governo Provisório foi extinto e Deodoro da Fonseca foi eleito presidente pelo Congresso Nacional, e o Marechal Floriano Peixoto, seu vice. O governo de Deodoro da Fonseca, agora regido por uma Constituição, foi marcado pela instabilidade por causa do autoritarismo do presidente.
Além de toda a crise política que marcou a mudança do regime, o governo de Deodoro da Fonseca encarou uma das crises econômicas mais graves de nossa história: o encilhamento. Essa crise foi consequência das ações tomadas por Rui Barbosa, enquanto ocupava o Ministério da Fazenda.
O governo de Marechal Manuel Deodoro da Fonseca iniciou-se com a Proclamação da República, em 15 de novembro de 1889.
Deodoro da Fonseca assumiu com a inflação em 1,1% e entregou a 89,9%. No Rio de Janeiro, os republicanos insistiram que o marechal Deodoro da Fonseca , um monarquista, liderasse o movimento golpista que substituiria a monarquia pela república.