Alimento. Se considerarmos a forma de obtenção de alimento, podemos classificar as bactérias em autotróficas e heterotróficas. Entre as autotróficas, existem as fotossintetizantes (ou fotoautotróficas) e as quimiossintetizantes (ou quimiautotróficas).
Dentre as bactérias autótrofas, há aquelas que realizam quimiossíntese, chamadas de bactérias quimioautotróficas, e as que realizam fotossíntese bacteriana, chamadas de bactérias fotoautotróficas.
Considerando seu metabolismo dependente de fontes de carbono, as bactérias podem ser autotróficas (ex.: espécies que produzem matéria orgânica através da fotossíntese) ou heterotróficas (ex.: espécies parasitas).
Bactérias clorofiladas – São bactérias autotróficas, que possuem clorofila e sintetizam seu próprio alimento por fotossíntese; Bactérias do solo – O solo é um habitat favorável à presença de bactérias e outros micro-organismos.
As bactérias heterotróficas se alimentam de moléculas orgânicas oriundas de outros seres vivos e dependendo da procedência de tais moléculas, as bactérias podem ser classificadas em saprófitas, ou decompositoras, e parasitas. As bactérias saprófitas, assim como os fungos, conseguem alimento a partir da decomposição de matéria orgânica.
Os organismos heterotróficos, por sua vez, constituem os outros níveis tróficos, ou seja, podem ser consumidores ou decompositores. Os consumidores são classificados de acordo com o nível em que se encontram. Os organismos heterotróficos que se alimentam de autotróficos são chamados de consumidores primários.
Os organismos heterotróficos, ou heterótrofos, por sua vez, não são capazes de produzir seu próprio alimento, dependendo do consumo de material orgânico previamente formado.
Além da classificação a partir da morfologia das bactérias, esses organismos podem ser classificados ainda em micoplasmas, gram-positivas e gram-negativas. Essa forma de classificação analisa a estrutura da parede celular das bactérias. Recebem a denominação de micoplasmas aquelas bactérias que não possuem parede celular.
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