Bem, essa é fácil de responder: Nagato só obteve o Rinnegan graças a Madara Uchiha, que colocou seus olhos originais em Nagato quando ele ainda era uma jovem criança.
Na hora da morte Yahiko disse a Nagato que confiava que ele era a ponte para a paz. Daí Nagato despertou o rinnegan, e matou a todos ali, menos sua amiga Konan e Hanzo, que conseguiu fugir usando o teletransporte. Posteriormente Nagato usou o corpo de seu amigo Yahiko, e através do Gedō, transformou-o em um dos Pain.
Depois de Madara ter enganado a morte com o Izanagi, Madara conseguiu transplantar um pouco do DNA de Hashirama para o corpo dele, conseguindo algumas habilidades do clã Senju. Somando os poderes do clã Uchiha com os do clã Senju, Madara conseguiu despertar o Rinnegan.
Mas afinal, como Sasuke despertou o Rinnegan? ... Após ter transferido parte de seu chakra para Sasuke, uma pequena parte desta energia fundiu-se com o jovem Uchiha, permitindo que ele tivesse contato com Hagoromo. Portanto, foi através de Hashirama que Sasuke conseguiu despertar o Rinnegan em Naruto Shippuden.
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