O fenômeno é conhecido como depressão pela endogamia e, de modo geral, os efeitos depressivos da endogamia são caracterizados pela redução da fertilidade, sobrevivência e do vigor dos animais.
Uma vantagem importante da endogamia é o aumento da prepotência dos reprodutores, que é a capacidade do indivíduo em produzir filhos parecidos com ele próprio. Os animais endogâmicos tendem a ser prepotentes por apresentarem maior percentual de genes em homozigose.
As principais limitações para o controle da endogamia são: informação de parentesco perdida ou desconhecida; erro na informação de parentesco; e a tendência de focar o controle apenas na próxima geração.
A consanguinidade aumenta a semelhança entre os indivíduos, o que pode evidenciar os defeitos dos animais e provocar efeitos desfavoráveis como a redução geral da fertilidade, sobrevivência e vigor do rebanho.
PONTOS NEGATIVOS: O melhoramento de plantas através da seleção artificial, por exemplo, tenta explorar a variabilidade genética existente dentro de cada espécie, mas tem apresentado limitações por causa do rápido aparecimento de patógenos e seus mutantes.
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Apesar das inúmeras vantagens decorrentes do melhoramento genético, essa seleção baseada principalmente no potencial produtivo pode levar à perda de genes valiosos presentes nos materiais não melhorados, como aqueles que conferem resistência a doenças e a estresses abióticos, por exemplo.
Benefícios e vantagensmelhor fertilidade do rebanho por meio da identificação dos melhores reprodutores;melhores índices no ganho de peso;diminuição do intervalo entre gerações;diminuição no custo de produção e melhora na relação custo e benefício;animais testados e com maior valor agregado;
A consangüinidade permite igualmente a formação de famílias distintas, oferecendo-nos assim a possibilidade de uma seleção mais severa que aquela feita entre indivíduos quaisquer, sobretudo quando consideramos as características de difícil transmissão.
Para evitar o risco de ter filhos portadores de doenças hereditárias, os casais consanguíneos devem, antes, buscar orientação de um geneticista, médico especialista no ramo de Genética Humana.
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