Após Sasuke matar seu irmão Itachi em uma luta, ele cai inconsiente e acorda com Tobi o observando, Tobi conta a história por trás do "Massacre do Clã Uchiha". Quando Tobi acaba de contar toda a história, Sasuke desperta seu Mangekyou Sharingan e decide se vingar de Konoha pelo o que ela fez com seu irmão.
Você foi avisado! O Mangekyo Sharingan é conhecido como o melhor tipo de Dojutsu possível antes do Rinnegan, e foi despertado inicialmente por Uchiha Madara e Uchiha Izuna durante a época das guerras entre os clãs Uchiha e Senju.
3º- Para despertar, o Uchiha deve, antes, ter desenvolvido seu Sharingan normal no máximo. Ou seja, ter as três vírgulas, e fazer bom uso delas. Sasuke mal tinha despertado apenas uma vírgula em cada olho do seu sharingan, jamais poderia despertar um Mangekyou.
No total, existem três passos para se despertar o MSE. Sendo eles: O ninja precisa ter o Mangekyou Sharingan (duh!), o que requer que um usuário do sharingan passe por um evento extremamente traumático ao testemunhar alguém próximo morrer.
Essa habilidade permitia Sasuke moldar, manipular e até mesmo apagar as chamas negras do Amaterasu a sua vontade – habilidade que nem Itachi tinha – além de poder inserir esse fogo especial em seus jutsus – como o Chidori, ou as flechas do Susano'o.
Como é mostrado no capítulo 605 do mangá, Kakashi despertou o seu Mangekyo Sharingan depois de matar acidentalmente Rin, a sua melhor amiga e companheira de time. A dolorosa cena também foi presenciada por Obito, fazendo com que os dois amigos despertassem ao mesmo tempo o Mangekyo Sharingan.
Mangekyō Sharingan: Obito despertou seu Mangekyō Sharingan através de meios desconhecidos, em algum momento depois de dar seu olho esquerdo para Kakashi. O olho em si, naturalmente, tem o mesmo design de Kakashi e é uma reminiscência de um pino de rodas.
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